雑記

今日は、ある遺伝子Xのマウス全長cDNAをRT-PCRで取ってこようと思って、マウスゲノムからファーストメチオニン〜ストップコドンまでの配列を検索した。その後、ファーストメチオニンとストップコドンの配列を用いて、プライマーを設計するつもりだ。
NCBIにPredictedなマウス全長配列は登録されていたが、ヒトやラットとアラインメントしてみると、全然間違っていることが判明。ヒトやラットを元にして、ひたすら部分的にブラストをかけ、探し出してくっつけるという作業をやった。疲れた…。一番やっかいだったのは、ファーストメチオニンの直後のシグナルシーケンス。あまり保存されていないため、ブラストしてもひっかかってこない。ラットとマウスでスプライシングの場所がそうは変わらないだろうと勝手に決めて、色々やって予想して、何とか探し出した。
こういう作業に全然慣れていないため、やたら疲れた。目をつむってもATGCがちらつく…。Predictedというのは、何かしらのプログラムによってファーストメチオニンやストップコドン、スプライシングが予想されたものだと思うが、意外と大きく間違っているなぁと思った。
あと、この作業はおまけ実験というかお遊び実験でこんなに時間取られてはいかん！と反省…。ま、いい勉強にはなった。